在最后一部电影的结尾，尼奥（基努·里维斯饰）终于实现了自己的能力和使命。在被枪杀并复活后，他成为了无所不能的“救世主”。他与女友Trinity（Kelly Ann Moss饰）和船长Morpheus（Laurence Fishburne饰）一起回到人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定率先出击，并派出25000枚电子炮攻击锡安基地；Morpheus、Neo和Trinity再次进入“矩阵”，寻找“钥匙制造者”，并准备从内部进行破坏；而本应被尼奥淘汰的特勤局史密斯似乎有一些问题，脱离了“矩阵”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍了尼奥的行动。
