剧情：2285年，在与可汗号的战斗中受损的企业号航空母舰返回地球太空港进行维修。柯克仍然为斯波克的死感到悲痛。麦考伊医生有各种不正常的行为，比如闯入斯波克原来被封锁的船舱，胡言乱语。最后，他被送往医院进行精神检查。斯科蒂被分配到联邦星舰精炼厂。星际舰队总部发布了一项禁令，禁止新组建的创世纪之星进入。柯克得知企业号即将退役。斯波克的父亲萨雷克找到了柯克，告诉他斯波克必须将尸体归还瓦肯星，否则他的灵魂将无法安息。萨雷克要求柯克回到创世纪之星，取回斯波克的棺材，并将其带回瓦肯——斯波克在死前与麦考伊进行了精神融合，所以麦考伊和斯波克的灵魂也必须去瓦肯。然而，星际舰队拒绝让旧的企业号离开太空港。从医院出来并听到这个消息后，麦考伊试图招募一艘宇宙飞船返回创世纪。他在与他人争吵时被捕，但这并没有影响整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌胡拉和切科夫的帮助下，麦考伊顺利逃脱，并一起登上了被遗弃的企业号。为了避免被追捕，斯科蒂还摧毁了“精进”号的发动机。六名同伴驾驶进取号驶向创世纪，冒着毁掉他们一生职业生涯的风险。与此同时，克林贡人了解了创世纪计划和创世纪之星。由于担心联邦会将其改造成一种新武器，克鲁格上尉率领一架克林贡猛禽夺取或摧毁了这种战略武器。在格雷森号联邦星舰上，大卫·马库斯博士和萨维克船长在创世纪号轨道上进行了科学观测。他们很快在地面上发现了生命形式。在好奇心的驱使下，他们把他们送到了行星表面，发现了斯波克的空棺材。根据对生命形式的解读，他们发现了年轻斯波克的活体：它生长得很快，但没有意识或灵魂。克林贡人也在这个时候来到了创世纪。他们摧毁了格雷森号，并将萨维克、马库斯和年轻的斯波克作为人质。很快，企业号也抵达了穆塔拉区，很快遭到克鲁格和他的克林贡士兵的袭击，瘫痪了。当克林贡人威胁要夺走人质的生命时，柯克使用了一个技巧来重新控制局势，但没有成功。大卫·马库斯随后被克林贡人杀害。在别无选择的情况下，柯克不得不向克林贡人投降。柯克冒着生命危险重新占据了上风，启动了企业号的自毁计划。企业号的船员随后传送到创世纪，在明亮的光线下目睹了企业号的毁灭，同时还携带了克鲁格的大部分士兵。柯克和他的团队最终从克林贡人手中救出了斯波克和萨维克，并在与克鲁格的一对一战斗中杀死了他。由于创世纪之星的独特力量，斯波克的身体得以重生，并随着创世纪之恒星的衰老速度迅速成长。当斯波克离开不稳定的创世纪之星时，他刚刚到了死前的年龄。当他们登上被捕获的猛禽飞船时，创世纪号开始了猛烈的爆炸。在萨雷克的庇护下，猛禽号抵达瓦肯号。在经历了危险的“浮屠榜”仪式后，斯波克的灵魂离开了麦考伊的意识，回到了自己的身体。仪式终于成功了，复活的斯波克开始再次回忆起他的过去和朋友。他问企业号的船员，为什么他们冒着生命和职业危险来营救他；柯克告诉他，有时有必要“牺牲自我，实现更伟大的自我”。展开
